祖父干统,三国时为东吴奋武将军都亭(今湖北恩施)侯,东晋著名的史学家,也是小说家的一代宗师。他的《搜神记》志怪小说集在中国小说史上有着极其深远的影响,被称作中国志怪小说的鼻祖。据史料记载,自西晋永嘉元年(307年),干宝初仕盐官州别驾(刺史的从吏官),后因刘聪、石勒之乱,西晋亡,东晋立,南北对峙,干宝举家迁至灵泉乡(今海宁黄湾五丰村与海盐澉浦六忠村的交界处)。永嘉四年(310年),父卒,葬澉浦青山之阳,干宝为父守孝。至三世时,迁至梅园(今海盐通元)。
干宝学识渊博,遍览群书,曾由华谭推荐任著作郎。建武元年(317年),经中书监王导推荐,领修国史。时因家贫,求补山阴(今绍兴)令,迁始安(今桂林)太守。东晋大兴元年(318年)二月封关内侯。太宁元年(323年),王导请为司徒右长史、迁散骑常侍。咸和元年(326年),母桓氏卒,葬灵泉里西南隅,干宝辞官为母守孝。咸和四年服阕回朝。永和元年(345年)致仕,永和七年(351年)秋卒,葬灵泉里后花园。朝廷特加尚书令,从祀学宫。